明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

十萬年前，忘仙宗老祖陳玄無敵于天下卻在巔峰時退隱，無人知曉，他是因系統(tǒng)金手指故障無法繼續(xù)突破，擔(dān)心晚節(jié)不保，才隱居世間的。某天，宗門后代女弟子前來求救，卻讓系統(tǒng)成功重啟……只要培養(yǎng)后代，他可以繼續(xù)變強(qiáng)，可以繼續(xù)獨斷萬古！躲了十萬年的玄天帝，帶著全新的金手指出山了……

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

白宇宙重型生命體對黑宇宙的探知中，因為無規(guī)則異界王族的介入，導(dǎo)致維度空間和亞空間產(chǎn)生無法避免的沖突，而在黑宇宙中和白宇宙重型生命體更加不兩立的戰(zhàn)鐵族，似乎可以平息這場紛爭，但是，萬事就怕但是……

11