明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話(huà)的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

天授二年臘月，武則天詔令百花連夜開(kāi)放。牡丹仙面臨選擇——開(kāi)，就是順從；不開(kāi)，就是死。桃花勸她低頭——不過(guò)百年，女皇就死了。牡丹仙說(shuō)——我的選擇是不開(kāi)。 她開(kāi)始講述自己的故事。 上古時(shí)期，女?huà)z造人，她是群體本性的象征。諸神祝福人類(lèi)時(shí)，壽星公種下牡丹種子，牡丹仙誕生，代表對(duì)未來(lái)的希望。蒼天誕生，代表個(gè)體本性，與女?huà)z展開(kāi)戰(zhàn)爭(zhēng)。女?huà)z補(bǔ)天，道隕化入萬(wàn)靈，群體本性成為萬(wàn)靈內(nèi)心的聲音。 伏羲被困天庭，神農(nóng)氏退位，帝俊蠱惑萬(wàn)靈為妖，人妖大戰(zhàn)爆發(fā)。炎帝的安撫政策被蒼天陰謀破壞，被迫轉(zhuǎn)為鎮(zhèn)壓，萬(wàn)靈投靠妖族，百年血戰(zhàn)。炎帝內(nèi)疚殉道。蚩尤拒絕妖族幫助，獨(dú)自戰(zhàn)斗，被擒囚禁。 五帝時(shí)代，禪讓制是群體本性的最后堡壘。夏啟被蒼天蠱惑，武力奪位，廢除禪讓制，開(kāi)啟家天下。“天下為公”變成“天下為家”，個(gè)體本性勝利。此后四千年，王朝循環(huán)，蒼天詛咒。 東漢末年，張角覺(jué)醒，高呼“蒼天已死，黃天當(dāng)立”，黃巾起義失敗，但火種不滅。 牡丹仙在歷史中經(jīng)歷了六世。第一世壽星紫，祝福未來(lái)，死于人妖大戰(zhàn)。第二世玉版白，祝福善意，陪伴曹植十年，殉情而死。第三世化為姚黃、魏紫、荷包牡丹，祝福愛(ài)情，千年后困惑而死。第四世洛陽(yáng)紅，祝福反抗，在風(fēng)雪中燃燒自己，鮮血化入泥土。 1949年，新中國(guó)成立。群體本性最終戰(zhàn)勝個(gè)體本性，“天下為公”回歸人間。 春天，邙山，六色牡丹同時(shí)綻放。牡丹仙站在花海中微笑。無(wú)數(shù)身影浮現(xiàn)——炎帝、蚩尤、張角、無(wú)數(shù)先烈。毛主席站在花海中，輕觸一朵洛陽(yáng)紅。 待到山花爛漫時(shí)，他在叢中笑。

被白眼狼坑得傾家蕩產(chǎn)，瀕臨死亡，即將成為宗門(mén)史上最短命的長(zhǎng)老…… 幸好金手指覺(jué)醒，綁定授徒返利系統(tǒng)，送徒弟垃圾丹，返我極品丹！先報(bào)仇再致富，逆襲最強(qiáng)仙帝！ 溫柔藥師、性感帝女、劍道至尊……全是我徒弟！

在未來(lái)科學(xué)家制造了“盤(pán)古”這臺(tái)毀壞力超強(qiáng)的戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤(pán)古”被用于戰(zhàn)爭(zhēng)。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤(pán)古被銷(xiāo)毀。 然而戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束16年后，盤(pán)古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺(jué)得自己當(dāng)年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類(lèi)，自己制造出具有行動(dòng)能力的機(jī)器，并開(kāi)始大量制造各種戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器人，開(kāi)始報(bào)復(fù)人類(lèi)，大舉進(jìn)攻人類(lèi)。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據(jù)現(xiàn)代人的印象，呈現(xiàn)出與生前的人形不同的形態(tài)。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時(shí)代，述寫(xiě)新的傳奇。作品獨(dú)創(chuàng)性的提出“魂”與“靈體”之間關(guān)系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來(lái)的一代又一代的人身上，并永不停息的持續(xù)著“他們”之間的戰(zhàn)爭(zhēng)，此所謂“魂戰(zhàn)紀(jì)”。