葉小天世襲罔替，卻非王侯；他出身世家，卻非高門。作為六扇門中的一個(gè)牢頭兒，他本想老老實(shí)實(shí)把祖上傳下來的這只鐵飯碗一代代傳承下去，卻不想被一個(gè)神棍忽悠出了那一方小天地，這一去，便是一個(gè)太歲橫空出世。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對(duì)話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

十萬年前，忘仙宗老祖陳玄無敵于天下卻在巔峰時(shí)退隱，無人知曉，他是因系統(tǒng)金手指故障無法繼續(xù)突破，擔(dān)心晚節(jié)不保，才隱居世間的。某天，宗門后代女弟子前來求救，卻讓系統(tǒng)成功重啟……只要培養(yǎng)后代，他可以繼續(xù)變強(qiáng)，可以繼續(xù)獨(dú)斷萬古！躲了十萬年的玄天帝，帶著全新的金手指出山了……