明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

這個(gè)世界上有著許多從遠(yuǎn)古流傳下來(lái)的“裂縫”，這些裂縫是人界與靈界之間的通道。普通的人類并不具備看到或通過裂縫的能力，但裂縫那邊的精靈可以。 于是在幾百年前，為了保持兩界平衡，人界出現(xiàn)了一個(gè)叫裂縫管理者的家族，他們的任務(wù)就是封印裂縫、驅(qū)逐精靈。

在未來(lái)科學(xué)家制造了“盤古”這臺(tái)毀壞力超強(qiáng)的戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤古”被用于戰(zhàn)爭(zhēng)。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤古被銷毀。 然而戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束16年后，盤古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺得自己當(dāng)年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類，自己制造出具有行動(dòng)能力的機(jī)器，并開始大量制造各種戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器人，開始報(bào)復(fù)人類，大舉進(jìn)攻人類。