明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

云清觀有一名能讓其師父聞風(fēng)喪膽的呆萌道士，天天以學(xué)術(shù)詢?nèi)耍鞣N問題層出不窮，簡(jiǎn)直是十萬(wàn)個(gè)為什么...這人就是楊修慕。他每天老老實(shí)實(shí)踏踏實(shí)實(shí)的修行捉妖，卻在某一天，成了這只小老鼠精的俘虜！老鼠陰險(xiǎn)狡詐，他當(dāng)然不是對(duì)手，輕松的就交上了自己的心...