明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

看起來有點(diǎn)“娘”的男生藺文佳，在COSPLAY時(shí)無意間竟然召喚出了妖狐妲己，妲己經(jīng)常不聽話還喜歡調(diào)戲藺文佳，非常看不起主人懦弱的娘炮性格。與此同時(shí)藺文佳還遭到了同校學(xué)姐的追殺，原來這一切都是因?yàn)樗w內(nèi)蘊(yùn)藏著遠(yuǎn)古神秘一族的“遺骨”，具有最純正的具現(xiàn)師的血統(tǒng)，可以通過cos具現(xiàn)出任何逝去的英魂使之出現(xiàn)在這個(gè)時(shí)空并可以將其變成卡片，可以無限制的具現(xiàn)逝去的英魂戰(zhàn)姬。