原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

撥開(kāi)重重的殺人謎案，顯露出來(lái)的便是唯一的真相，當(dāng)事實(shí)被一點(diǎn)點(diǎn)挖掘，推理出的竟然是人心。自古英雄男兒，紅顏多少神傷，女人的悲歌能否戛然而止，同時(shí)在陽(yáng)光下肆意生長(zhǎng)著的，還有那段純真的風(fēng)云緣。 傳承毒術(shù)的女人們更是被人們所誤解，在風(fēng)起云涌的皇室權(quán)力爭(zhēng)奪中，探案師與毒娥的終極對(duì)決展開(kāi)了。

一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫(huà)劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開(kāi)啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。