原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

在未來科學(xué)家制造了“盤古”這臺(tái)毀壞力超強(qiáng)的戰(zhàn)爭機(jī)器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤古”被用于戰(zhàn)爭。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤古被銷毀。 然而戰(zhàn)爭結(jié)束16年后，盤古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺得自己當(dāng)年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類，自己制造出具有行動(dòng)能力的機(jī)器，并開始大量制造各種戰(zhàn)爭機(jī)器人，開始報(bào)復(fù)人類，大舉進(jìn)攻人類。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對(duì)話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

現(xiàn)代中醫(yī)院醫(yī)生慕無雙穿越到一個(gè)未知的朝代，一朝醒來，發(fā)現(xiàn)自己成了當(dāng)朝丞相云驚鴻之妾慕容霜，本想平靜的和愛人共度一生，卻不想一場針對(duì)自己的陰謀悄然而至……