明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

這個世界上有著許多從遠(yuǎn)古流傳下來的“裂縫”，這些裂縫是人界與靈界之間的通道。普通的人類并不具備看到或通過裂縫的能力，但裂縫那邊的精靈可以。 于是在幾百年前，為了保持兩界平衡，人界出現(xiàn)了一個叫裂縫管理者的家族，他們的任務(wù)就是封印裂縫、驅(qū)逐精靈。

甲級戰(zhàn)犯死死惡重現(xiàn)于世，打破了本就虛偽又脆弱的和平。為了保全利益，蟲重勢力與其大打出手，揭開了大戰(zhàn)的帷幕，而引起這場戰(zhàn)爭的，卻是一個因身負(fù)詛咒才來到此地，勉強(qiáng)擦邊才通過了入學(xué)考核不久的姚命同學(xué)。殊不知，他進(jìn)入的，是一所被卷入漩渦中心，且被世人憧憬又忌憚的毀滅之地。它，被稱之為—黑幫大學(xué)。