一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國度的奇幻旅程（根據(jù)小說一克帝國異域志內(nèi)容改編而成）。

2516地球環(huán)境惡化，人類將月球改造成了一個(gè)理想國度“龜塔”。 然而只有最優(yōu)秀的人才有移民權(quán)。同時(shí)因龜塔不斷脫落細(xì)胞（破壞力極強(qiáng)的怪物“蜉蝣”），使地球生存環(huán)境更加惡劣。為了盡快離開地球，移民新世界，窮逼少年杜凜和伙伴們加入了機(jī)甲隊(duì)，靠擊殺蜉蝣獲取移民分，不想蜉蝣愈殺愈強(qiáng)，杜凜幾經(jīng)危險(xiǎn)，就在生死未卜之時(shí)，一個(gè)神秘蘿莉出現(xiàn)在了他的生命里，杜凜獲得了巔覆整個(gè)戰(zhàn)局的力量。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

魔族最強(qiáng)魔尊的無用，因?yàn)樯砩系囊话肴俗逖}遭到背叛暗算，神識(shí)與天道互相感應(yīng)，得到外掛“太初神魂”。強(qiáng)勢再起的無用，一路殺妖誅魔，一統(tǒng)五族，向上位仙族發(fā)起逆天之戰(zhàn)，創(chuàng)造第七種族“神族”。我即六界主宰，我即神天至尊！