在未來科學(xué)家制造了“盤古”這臺毀壞力超強的戰(zhàn)爭機器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤古”被用于戰(zhàn)爭。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤古被銷毀。 然而戰(zhàn)爭結(jié)束16年后，盤古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺得自己當(dāng)年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類，自己制造出具有行動能力的機器，并開始大量制造各種戰(zhàn)爭機器人，開始報復(fù)人類，大舉進攻人類。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

看起來有點“娘”的男生藺文佳，在COSPLAY時無意間竟然召喚出了妖狐妲己，妲己經(jīng)常不聽話還喜歡調(diào)戲藺文佳，非常看不起主人懦弱的娘炮性格。與此同時藺文佳還遭到了同校學(xué)姐的追殺，原來這一切都是因為他體內(nèi)蘊藏著遠(yuǎn)古神秘一族的“遺骨”，具有最純正的具現(xiàn)師的血統(tǒng)，可以通過cos具現(xiàn)出任何逝去的英魂使之出現(xiàn)在這個時空并可以將其變成卡片，可以無限制的具現(xiàn)逝去的英魂戰(zhàn)姬。

重生后，薩伊決定脫離養(yǎng)母的控制。