前世的姻緣破滅，龍蝶說：“若有來世，不愿見君。”龍蝶轉(zhuǎn)世后墜入魔界，陰差陽錯的成了魔君的妃子，且毀去容顏，從此被打入冷宮遭受世人的嘲笑，姐姐也與她反目成仇。 童云澤因想要追回她，從仙界一路尋來，找到她的轉(zhuǎn)世。他在魔界眼睜睜的看著心愛的她錯愛上旁人，看著她在魔界里面飽受屈辱，前世因他，他們兩個一別兩寬，今生，他想用盡全力，守護在她的身旁，與她再續(xù)前緣。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

故事在廢土風格基礎(chǔ)上架構(gòu)了一個極具頹廢氣息的末世界，具有魔族血統(tǒng)被視為異類的主角在爾虞我詐的世界里，希冀去實現(xiàn)自己近乎渺茫的理想——擁有一位真正的朋友。在主角的任務(wù)過程中，偶然結(jié)識到的一位伙伴正逐步打開著主角的心扉。