原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

云清觀有一名能讓其師父聞風喪膽的呆萌道士，天天以學(xué)術(shù)詢?nèi)耍鞣N問題層出不窮，簡直是十萬個為什么...這人就是楊修慕。他每天老老實實踏踏實實的修行捉妖，卻在某一天，成了這只小老鼠精的俘虜！老鼠陰險狡詐，他當然不是對手，輕松的就交上了自己的心...

千年蛇妖趁封印變?nèi)跆恿顺鰜砗蟊焕习逅龋瑱C緣巧合下遇見了前往陽界收回冥魂的判官大人崔鈺。