故事講述了個(gè)性開(kāi)朗喜歡搗亂的小學(xué)生布丁，和性格有點(diǎn)暴躁的黃連，倆人的日常校園生活故事。

天授二年臘月，武則天詔令百花連夜開(kāi)放。牡丹仙面臨選擇——開(kāi)，就是順從；不開(kāi)，就是死。桃花勸她低頭——不過(guò)百年，女皇就死了。牡丹仙說(shuō)——我的選擇是不開(kāi)。 她開(kāi)始講述自己的故事。 上古時(shí)期，女媧造人，她是群體本性的象征。諸神祝福人類時(shí)，壽星公種下牡丹種子，牡丹仙誕生，代表對(duì)未來(lái)的希望。蒼天誕生，代表個(gè)體本性，與女媧展開(kāi)戰(zhàn)爭(zhēng)。女媧補(bǔ)天，道隕化入萬(wàn)靈，群體本性成為萬(wàn)靈內(nèi)心的聲音。 伏羲被困天庭，神農(nóng)氏退位，帝俊蠱惑萬(wàn)靈為妖，人妖大戰(zhàn)爆發(fā)。炎帝的安撫政策被蒼天陰謀破壞，被迫轉(zhuǎn)為鎮(zhèn)壓，萬(wàn)靈投靠妖族，百年血戰(zhàn)。炎帝內(nèi)疚殉道。蚩尤拒絕妖族幫助，獨(dú)自戰(zhàn)斗，被擒囚禁。 五帝時(shí)代，禪讓制是群體本性的最后堡壘。夏啟被蒼天蠱惑，武力奪位，廢除禪讓制，開(kāi)啟家天下。“天下為公”變成“天下為家”，個(gè)體本性勝利。此后四千年，王朝循環(huán)，蒼天詛咒。 東漢末年，張角覺(jué)醒，高呼“蒼天已死，黃天當(dāng)立”，黃巾起義失敗，但火種不滅。 牡丹仙在歷史中經(jīng)歷了六世。第一世壽星紫，祝福未來(lái)，死于人妖大戰(zhàn)。第二世玉版白，祝福善意，陪伴曹植十年，殉情而死。第三世化為姚黃、魏紫、荷包牡丹，祝福愛(ài)情，千年后困惑而死。第四世洛陽(yáng)紅，祝福反抗，在風(fēng)雪中燃燒自己，鮮血化入泥土。 1949年，新中國(guó)成立。群體本性最終戰(zhàn)勝個(gè)體本性，“天下為公”回歸人間。 春天，邙山，六色牡丹同時(shí)綻放。牡丹仙站在花海中微笑。無(wú)數(shù)身影浮現(xiàn)——炎帝、蚩尤、張角、無(wú)數(shù)先烈。毛主席站在花海中，輕觸一朵洛陽(yáng)紅。 待到山花爛漫時(shí)，他在叢中笑。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

悠悠宙宇，數(shù)十萬(wàn)個(gè)輪回，天皇消失，大道已死，究竟是何人所為？這天地間隱藏了太多的秘密，詭異的生命禁地，神秘的九曲天書，它們?yōu)楹未嬖谶@世上？少年葉生在亂世中出生，斬盡天下妖魔，只為尋求自己心中的大道，探索著天和地的隱秘。