這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類(lèi)與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

在未來(lái)科學(xué)家制造了“盤(pán)古”這臺(tái)毀壞力超強(qiáng)的戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤(pán)古”被用于戰(zhàn)爭(zhēng)。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤(pán)古被銷(xiāo)毀。 然而戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束16年后，盤(pán)古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺(jué)得自己當(dāng)年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類(lèi)，自己制造出具有行動(dòng)能力的機(jī)器，并開(kāi)始大量制造各種戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器人，開(kāi)始報(bào)復(fù)人類(lèi)，大舉進(jìn)攻人類(lèi)。

混混少年秦明，文弱書(shū)生白齊，一個(gè)是設(shè)局人，一個(gè)是解局人；一個(gè)是陰差陽(yáng)錯(cuò)，一個(gè)是蓄謀已久。二人通過(guò)選拔，攜手進(jìn)入金吾衛(wèi)，雖屢遭到權(quán)貴刁難，二人憑借膽識(shí)及能力硬是殺出了一條血路。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話(huà)的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。