原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類(lèi)與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

燕赤霞在家門(mén)遭變之后，看透世人的貪嗔欲愛(ài)，決心潛心修道。他的師傅為了試煉他，讓他只身去黑山捉妖。在試煉的過(guò)程中，燕赤霞遇上了不顧他人勸阻夜宿鬼寺的落魄書(shū)生寧采臣，二人成為鄰居。寧采臣偶遇女鬼聶小倩，兩情相悅。但小倩是被樹(shù)妖姥姥控制的鬼魂，專(zhuān)門(mén)迷惑精壯男子代姥姥吸取陽(yáng)氣。寧采臣欲救小倩脫離姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩無(wú)法脫離其魔掌。二人遂向燕赤霞求救，一場(chǎng)人鬼大戰(zhàn)就此展開(kāi)……