D.B星河紀(jì)元3000年左右 人類進(jìn)入第二次大開發(fā)時(shí)代， 人造小行星成為主要的生活區(qū)域 在星河團(tuán)中形成了龐大的交通網(wǎng)絡(luò)和居住星團(tuán)群， 人造小行星的創(chuàng)制業(yè)務(wù)成為這個(gè)時(shí)代可獲得最大贏利的項(xiàng)目之一 ，能源的緊缺進(jìn)一步出現(xiàn) 而土地資源隨著人造小行星的出現(xiàn)開始貶值 大開發(fā)時(shí)代的到來， 使得沉悶逐漸沒落的世界變得動(dòng)蕩而充滿希望“ 空賊團(tuán) "”宇宙牛仔“” 空間獵人“” 雇傭軍團(tuán)“” 銀河特快“ ”星球會(huì)計(jì)“ ”土地鑄造師“……各種新生行業(yè)紛紛出現(xiàn)。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對(duì)話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

很久以前，妖獸橫行，禍害人間，百姓民不聊生。就在這時(shí)，一位仙人出現(xiàn)，他將妖獸引領(lǐng)到一個(gè)世外秘境，這個(gè)秘境被后人稱之為“山海界”。 數(shù)百年過去了，某一天仙人設(shè)下的結(jié)界受到破壞，部分靈獸出逃人間，為了將靈獸尋回，現(xiàn)任守界者靈發(fā)仙人來到人類的世界。然而此時(shí)此刻，孟然和同學(xué)正因?yàn)檎`闖后山而遇到傳說中的兇獸窮奇……

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。