原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

一個荒廢的小鎮(zhèn)里出現(xiàn)了恐怖的生物……

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

隨著21世紀末的鐘聲響起，宣告著核武的沒落。地球因核戰(zhàn)四分五裂。執(zhí)念者們陰差陽錯獲得了異能，為了克制暴亂的異能者，城市的人們成立專門組織——異能回收小組。主要負責強行拘捕不愿被政府管轄的異能者。一場屬于異能者們的戰(zhàn)斗全面展開……