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明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

女主陽蘿目睹母親被吸入一本天書，為了尋回母親，陽蘿開始四處收集天書，并在“藏書閣”昴和男主人公習(xí)語的陪伴下，克服了種種困難。隨著收集的天書越多，陽蘿發(fā)現(xiàn)母親竟然是天書里面的人物，并與身為人類的父親產(chǎn)生了愛的結(jié)晶，生下了自己。陽蘿有一半天書血統(tǒng)的事瞬間引起了很多藏書閣的注意，并對陽蘿采取了回收行動。于是陽蘿一邊應(yīng)對這些藏書閣，一邊加快速度收集天書。