一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國度的奇幻旅程（根據(jù)小說一克帝國異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據(jù)現(xiàn)代人的印象，呈現(xiàn)出與生前的人形不同的形態(tài)。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時(shí)代，述寫新的傳奇。作品獨(dú)創(chuàng)性的提出“魂”與“靈體”之間關(guān)系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來的一代又一代的人身上，并永不停息的持續(xù)著“他們”之間的戰(zhàn)爭，此所謂“魂戰(zhàn)紀(jì)”。

公益律師盧卡調(diào)查案件時(shí)，意外卷入天使與惡魔的爭斗，結(jié)識(shí)了隱藏起惡魔身份的阿爾伯特，經(jīng)過相處，兩人感情進(jìn)展迅速，就在此時(shí)，盧卡發(fā)現(xiàn)阿爾伯特的真實(shí)身份，他似乎還與一直在人類世界制造災(zāi)難的神秘組織有很深的牽扯，盧卡陷入了茫然之中……