原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

南漠國相府二小姐上官彩云遭遇夫君和家姐的聯(lián)合陷害，最終慘死。重生而來的上官彩云，回到了十四歲那一年。這一世，她為復(fù)仇而來，要將上一世受盡的屈辱一一討伐。這一世，她尋覓摯愛（段原慎）二人真心相待。攜手擊破段錦文和皇后等人的奸計(jì)，獲得藍(lán)顏莫思淳和孔書奇等人傾力相助，最終將段錦文一黨徹底鏟除。這一路走來，彩云和段原慎經(jīng)歷了各種生死考驗(yàn)，彼此間始終不離不棄。佳人終成眷屬，成為南漠帝王帝后，攜手共建盛世……