一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國度的奇幻旅程（根據(jù)小說一克帝國異域志內(nèi)容改編而成）。

D.B星河紀元3000年左右 人類進入第二次大開發(fā)時代， 人造小行星成為主要的生活區(qū)域 在星河團中形成了龐大的交通網(wǎng)絡(luò)和居住星團群， 人造小行星的創(chuàng)制業(yè)務(wù)成為這個時代可獲得最大贏利的項目之一 ，能源的緊缺進一步出現(xiàn) 而土地資源隨著人造小行星的出現(xiàn)開始貶值 大開發(fā)時代的到來， 使得沉悶逐漸沒落的世界變得動蕩而充滿希望“ 空賊團 "”宇宙牛仔“” 空間獵人“” 雇傭軍團“” 銀河特快“ ”星球會計“ ”土地鑄造師“……各種新生行業(yè)紛紛出現(xiàn)。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。