明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據現(xiàn)代人的印象，呈現(xiàn)出與生前的人形不同的形態(tài)。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時代，述寫新的傳奇。作品獨創(chuàng)性的提出“魂”與“靈體”之間關系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來的一代又一代的人身上，并永不停息的持續(xù)著“他們”之間的戰(zhàn)爭，此所謂“魂戰(zhàn)紀”。

末日里的綠衣少年和蘿莉的傳奇故事核戰(zhàn)過后，殺戮開始蔓延到整個世界。人間秩序完全瓦解，弱肉強食成為第一原則。在無序、狂暴的荒野上，人人都在掙扎求生。一個出身不明、單眼失明的繃帶少年——蘇，努力養(yǎng)育著從街上救來的小女孩。兩人相依為命，卻遭遇了意外。